El nombre de Alfarnate procede del término árabe Al-farnat, que significa “molino de harina”, lo que refleja la importancia que tuvo antiguamente la producción de harina en la zona. Sin embargo, la presencia humana en este territorio es mucho más antigua. Los restos arqueológicos encontrados en los arroyos Palancar y Morales indican que ya existían asentamientos en época prehistórica.
Las primeras referencias escritas sobre el lugar aparecen en el siglo X, cuando se menciona a los llamados “Alfarnates”, que incluían a las actuales localidades de Alfarnate y Alfarnatejo, descritas como alquerías dedicadas principalmente a la producción de harina. Tras la conquista cristiana de la zona, en 1487, comenzó la repoblación con colonos procedentes de otros puntos de la región entre los años 1489 y 1490.
Durante varios siglos ambas poblaciones compartieron una historia común, hasta que finalmente en el siglo XVIII se separaron administrativamente y pasaron a ser municipios independientes.
Una curiosa leyenda explica el origen de los apodos de sus habitantes. Según la tradición, en el antiguo camino que unía ambos pueblos existía una gran piedra que marcaba el límite entre los dos términos. Una fuerte tormenta la desplazó hasta el centro del camino, bloqueando el paso. Para retirarla, los vecinos de Alfarnate propusieron utilizar palancas hechas con palos, mientras que los de Alfarnatejo preferían cavar alrededor de la piedra como si fueran tejones. Finalmente la piedra rodó hasta el río, y de aquella historia surgieron los sobrenombres de “palancos” para los alfarnateños y “tejones” para los alfarnatejos.
En el siglo XIX el municipio también fue escenario del fenómeno del bandolerismo andaluz, debido a su cercanía con el Puerto de los Alazores, paso natural entre Málaga y Granada que durante siglos fue una importante ruta de comunicación.
Tradicionalmente la economía local ha estado ligada a la agricultura y la ganadería. Entre los cultivos más característicos destacan el olivar, los almendros, el trigo y especialmente los garbanzos de Alfarnate, conocidos por su calidad desde hace siglos.
