El nombre de Alcaucín procede del árabe Al Cautin, que suele interpretarse como “los arcos”. Algunos historiadores creen que el origen del nombre podría estar relacionado con un antiguo acueducto que existió en la zona, mientras que otros lo relacionan con la abundancia de tejos, árboles cuya madera se utilizaba antiguamente para fabricar arcos de caza y guerra.
El territorio donde se asienta el actual municipio ha estado habitado desde tiempos muy antiguos. Los hallazgos arqueológicos del Boquete de Zafarraya demuestran la presencia humana en la zona desde la prehistoria.
Uno de los elementos históricos más importantes es el castillo de Zalia, una fortaleza situada en una posición estratégica entre la costa malagueña y el interior de Granada. Documentado ya en el año 909, tuvo un papel destacado durante la época andalusí. En 1485 fue conquistado por las tropas cristianas y posteriormente se utilizó como prisión para moriscos rebeldes.
A lo largo de los siglos el municipio también sufrió episodios difíciles, como los enfrentamientos durante la invasión napoleónica o el terremoto de finales del siglo XIX, que provocó importantes daños en muchas viviendas.