El origen del nombre de Canillas de Aceituno ha sido tradicionalmente relacionado con la palabra “aceituna”, interpretándose como Canilla de Azzeitun, es decir, tierra de olivares. Sin embargo, estudios posteriores han demostrado que el origen del nombre no está relacionado directamente con este cultivo. Durante la época musulmana, el lugar era conocido por la producción de azeytuní, un tipo de seda natural teñida muy apreciada en el barrio granadino del Albaicín.
La importancia de esta industria explica la gran presencia de moreras que existían en la zona, ya que sus hojas servían de alimento para los gusanos de seda. Incluso después de la conquista cristiana se mantuvo esta actividad durante algún tiempo. En el centro del pueblo todavía se conserva la llamada Casa de los Diezmos, edificio en el que se controlaba y se tributaba por la producción y distribución del azeytuní. Este inmueble es conocido actualmente como Casa de la Reina Mora, probablemente porque la tradición popular lo asocia con la estancia veraniega de alguna princesa árabe.
No obstante, Canillas de Aceituno no aparece mencionado como núcleo urbano importante hasta 1569, durante el periodo de la rebelión de los moriscos. En aquel momento el pueblo pertenecía al señorío del Marqués de Comares. Uno de los episodios más destacados de aquella época fue el asalto a la venta de Pedro Mellado, encabezado por el monfí Andrés el Xorairán, natural de Sedella. La reacción del justicia de Vélez fue especialmente dura: ordenó detener y torturar a ocho moriscos elegidos al azar, entre ellos el propio regidor de Canillas.
Este acto provocó una fuerte reacción y se considera uno de los antecedentes de la conocida Batalla del Peñón de Frigiliana. Como consecuencia de estos conflictos, Canillas de Aceituno fue destruido y despoblado, y el castillo que dominaba el pueblo fue arrasado por orden de Felipe II en 1571 para evitar nuevos levantamientos moriscos.
A pesar de ello, el casco urbano conserva numerosos vestigios de su pasado mudéjar. Las calles estrechas y empinadas, los arcos que cruzan algunas vías y las antiguas construcciones recuerdan claramente el origen andalusí del municipio. Entre estos elementos destacan las algorfas morunas, arcos que atraviesan la calle de lado a lado, visibles en puntos como la confluencia de las calles Agua y San Antonio o en la calle Calleja.
Durante siglos la economía local estuvo basada principalmente en la producción de seda y el cultivo de la vid. Sin embargo, ambas actividades sufrieron importantes crisis: la seda desapareció tras la conquista cristiana y la producción de vino se vio gravemente afectada por la plaga de filoxera en el siglo XIX. Actualmente la economía del municipio se apoya en la agricultura moderna, especialmente en el cultivo de aguacates, así como en pequeñas industrias artesanales relacionadas con la carpintería, el mueble o la confección.
